Đối với câu hỏi của bạn, chúng tôi có một số ý kiến tư vấn như sau: Căn cứ theo quy định tại khoản 3 Điều 620 Bộ luật dân sự năm 2015 thì việc từ chối nhận di sản phải được thể hiện trước thời điểm phân chia di sản. Quy định này được hiểu văn bản từ chối nhận di sản chỉ có hiệu lực nếu nó được lập và công chứng trước thời điểm phân chia di sản.
Ngoài ra, theo Điều 78 Luật Công chứng năm 2014 và hướng dẫn của Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản về công chứng văn bản từ chối nhận di sản (theo địa chỉ http://www.vnembassy-jp.org/vi/h%C6%B0%E1%BB%9Bng-d%E1%BA%ABn-th%E1%BB%A7-t%E1%BB%A5c-ch%E1%BB%A9ng-th%E1%BB%B1c-gi%E1%BA%A5y-%E1%BB%A7y-quy%E1%BB%81n-b%E1%BA%A3n-sao-ch%E1%BB%A9ng-nh%E1%BA%ADn-h%E1%BB%A3p-%C4%91%E1%BB%93ng-di-ch%C3%BAc) thì Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật chỉ thực hiện công chứng văn bản từ chối nhận di sản nếu việc công chứng này được thực hiện trước khi di sản của bố bạn được phân chia.
Như vậy, trong trường hợp của bạn việc nhân viên Đại sứ quán Việt Nam tại Nhật Bản từ chối công chứng văn bản từ chối nhận di sản của em bạn dựa theo thời hạn từ chối nhận di sản là 6 tháng kể từ thời điểm mở thừa kế quy định trong Bộ luật dân sự năm 2005 là không có cơ sở. Vì vậy, em bạn có quyền trao đổi và yêu cầu nhân viên Đại sứ quán làm rõ vấn đề này. Bên cạnh đó, để thuận lợi cho việc trao đổi và yêu cầu công chứng văn bản từ chối nhận di sản, em trai bạn có thể cung cấp các chứng cứ xác định di sản vẫn chưa được phân chia, cụ thể như các giấy tờ xác minh quyền sở hữu vẫn đứng tên bố của bạn.
Chúc bạn thành công !